Ninjovia boli veľmi múdri. Svoje vedomosti získavali hlavne pozorovaním prírody. Vedeli napr. geniálne určiť čas pohľadom do očí mačky. Vychádzali z toho, že mačky majú oči citlivé na svetlo, a ich zreničky sa upravujú podľa toho, ako slnko putuje po oblohe. Obrázok znázorňuje, ako ninja dokázal využiť tieto vedomosti na určenie približného času.
Takisto ako námorníci, aj ninjovia vedeli používať hviezdy na navigáciu v noci, ale ovládali aj ďalšie dva spôsoby na určenie smeru. Prvý spôsob je použitie pňa stromu. Stačí sa pozrieť na hustotu letokruhov. Kde sú letokruhy bližšie pri sebe (hustejšie) tam je sever. Druhý, presnejší spôsob je určenie smeru pomocou slnka a troch paličiek. Táto metóda presne určuje sever. Ninja si vyhľadal úplne prázdnu oblasť, kde neboli porasty stromov alebo kríkov. Potom našiel paličku dlhú asi jednu stopu (cca 30 cm) a dve konáriky ľubovoľnej veľkosti. Paličku zapichol do zeme, a pozoroval jej tieň. Na koniec tieňa zapichol jeden z konárikov a potom počkal asi 15 minut, kým sa tieň posunul. Druhý konárik zapichol na koniec novej pozície tieňa. Potom stúpol pravou nohou na miesto prvého konárika a ľavou na miesto druhého. Takto bol otočený tvárou k severu.
Dokonca aj ninja si potreboval občas odpočinúť a najlepšie miesto na úkryt je v korune stromu. Keďže mal neobyčajne dlhú šerpu, bol schopný vyšplhať sa do najvyšších vetiev stromu a previazať svoju šerpu z konára na konár, ako pavúčiu sieť. Takto si ninja vytvoril jednoduchú hojdaciu sieť, v ktorej mohol oddychovať a pozorovať prichádzajúcich nepriateľov. Keďže ninja potreboval prežiť v prírode, musel mať aj prirodovedné znalosti. Musel vedieť rozlíšiť jedlé, liečivé a jedovaté plody, uloviť, pripraviť a uvariť (upiecť) zvieratá, postaviť si prístrešok, vyhľadať vodu a založiť oheň. Niektoré metódy hľadania vody v prírode boli postavené na pozorovaní hmyzu v okolí. Napríklad ak niekde bola vysoká koncentrácia mravcov alebo cvrčkov, znamenalo to, že v blízkosti je voda. Ďalším spôsobom bolo vyhľadávanie rastlín, ktoré rastú blízko vody.
