Pri svojích misiách ninja často potreboval okrem zbraní aj nejaké nástroje, ktoré by mu uľahčili prácu. Tu je prehľad najčastejšie používaných:
Ninjovia boli vynikajúci stopári, schopní identifikovať všetky odtlačky v zemi. Práve preto si uvedomovali, že aj oni mohli byť ľahko vystopovateľní, hlavne keď nosili tabi. Vyriešili to tak, že vymysleli mnoho typov odtlačkov chodidla, ktoré sa vyrábali z dreva a pripevňovali sa na podrážku tabi. Okrem imitácie ľudskej stopy mohlo mať ashiaro podobu medvedej alebo psej stopy. Často sa používala podoba detskej stopy, alebo stopy mrzáka. Takto sa mohol ninja prechádzať po nepriateľskom území a nemusel sa báť, že ho vystopujú.
Bola to malá krabička, v ktorej mal ninja schované žeravé uhlíky. Tie sa používali na zapálenie sviečky, alebo zápalnej šnúry. Počas chladných nocí si ninja týmito uhlíkmi zohrieval ruky.
Keď ninja potreboval rýchlo ujsť, hodil na zem túto "bombu", ktorá bola naplnená pušným prachom a pri dopade spôsobila malú explóziu a plno dymu. Keď sa dym rozplynul, ninja bol preč. Použitie dymovej bomby môžte vidieť v mnohých filmoch o ninjoch.
Keďže ninja pracoval najčastejšie v noci, potreboval aj nejaký zdroj svetla. Gando bol lampáš, ktorý slúžil ako baterka. Sviečka bola upevnená vo vnútri kovového kužeľa, ku ktorému bola pripevnená rúčka. Svetlo z takého lampáša vychádzalo len jedným smerom, narozdiel od klasického, kde sa svetlo šírilo na všetky strany.
Hasami Bune bolo malé skladacie plavidlo, ktoré ninjovi slúžilo na prenos jeho výbavy po vode bez toho, aby sa namočila.
Bol to vlastne hák (kotva) pripevnený na 12 - 15 stôp (cca 3,5 - 4,5 m) dlhom lane. Kaginawa sa používala na preliezanie stien alebo na "prehupnutie sa" ponad priepasť. Takisto sa mohla použiť aj ako zbraň. Držaním za lano mohol ninja roztočiť hák nad hlavou a zasiahnúť protivníka ostrou špicou háku.
Plavidlo podobné plti, ktoré ninja používal na zdolávanie väčších vodných plôch.
Lekárnička, ktorá obsahovala rôzne antiseptiká a mastičky na ošetrenie zranení. Mohla obsahovať tiež aj jedy a protijedy.
Kovové pásy s ostrými hrotmi, ktoré sa pripevňovali na chodidlo tabi (podobne ako Ashiko). S takýmito tretrami mohol ľahšie zdolávať nerovné alebo šmykľavé povrchy.
Boli to nafukovacie "vankúšiky", ktoré mal ninja pripevnené okolo bokov, aby ho nadnášali vo vode. Vyrábali sa zo zajačej alebo konskej kože.
Slúžili na dočasné, alebo niekedy aj trvalé oslepenie nepriateľa. Boli to duté vaječné škrupiny, papierové vrecká alebo krátke bambusové rúrky naplnené zmesou piesku, kovových pilín a čierneho korenia. Tieto škrupiny alebo vrecká potom ninjovia hádzali nepriateľom do tváre. Pri náraze sa vrecko roztrhlo a obsah sa rozsypal po tvári. Bambusová rúrka bola uzavretá papierom alebo voskom, a keď sa otvorila, tak jej obsah bol vymrštený protivníkovi do tváre. Zvyčajne sa metsubishi používali v prípade, keď musel ninja čeliť viacerým nepriateľom naraz. Napríklad ak ho obkľúčilo 5-6 nepriateľov, dvoch mohol oslepiť, zatiaľ čo bojoval proti ostatným.
Ninjovia často nosili so sebou malé pílky, pomocou ktorých mohli vyrezať malé otvory v stene. Takto mohli pozorovať okolie, zatiaľ čo boli ukrytí. Pílka mohla mať aj trojuholníkový tvar. Takouto pilkou potom mohol ninja vyrezať otvor, ktorý bol na jeho strane väčší a na vonkajšej strane menší.
Malé skladacie plavidlo podobné kanoe. Pozostávalo z veľkej prázdnej nádoby a bambusových palíc. Keď sa potreboval preplaviť cez rieku, z bambusových palíc poskladal rám a na jeho spodnú časť pripevnil nádobu. Ďalšiu bambusovú palicu použil ako veslo.
Bolo to skladacie veslo vyrobené z bambusu, ktoré ninja používal na veslovanie na svojích plavidlách (Shinobi Bune, Kama Ikada).
Keďže väčšina japonských dverí sa otvárala posuvaním do strán (nie otváraním dnu a von), ninja používal rôzne "hasprovacie" nástroje. Tojime bola oceľová tyč, ktorá mala na obidvoch koncoch háky. Používala sa na zablokovanie dverí, aby sa nedali odsunúť.
Boli to malé nádoby, ktoré ninja používal na prekonanie plytkých vodných plôch alebo potokov. Tieto nádoby si "obul" na nohy a tak mohol prejsť cez potok bez toho, aby sa namočil.
Ďalšie plavidlo, ktoré ninjovia používali. Bol to skladací čln, ktorý pozostával z viacerých častí. Každý ninja mohol mať pri sebe jednu časť, a keď sa stretli, mohli čln zložiť a spoločne v ňom odplávať.
